小麦散黑穗病菌在花期侵染花器。小麦开花时,病穗上的孢子被风吹落到健株花内,发芽侵入麦粒胚部,潜伏下来。病菌侵入寄主的时期很短,在扬花前1、2天或扬花、授粉时最易侵入。麦粒外表和健粒没有区别。小麦播种后,当带菌的种子萌发时,潜伏在胚部的菌丝也开始萌动,并随着小麦的生长点向上发展,到小麦穗期,菌丝体在小穗内迅速发展,破坏花器形成大量冬孢子(黑粉)再飞散到健株上侵染花器。小麦抽穗、扬花期间的气候,对散黑穗病的侵染有很大影响。风有利于病菌孢子的飞散和传播;大雨易将孢子淋落土壤中,而使孢子没有机会飞落柱头;空气过于干燥,亦不利于孢子萌发。因此,当小麦扬花期间,多雾或经常有小雨,空气湿度大(70%左右),气温在20~25℃左右,则有利于病菌孢子的萌发和侵入,当年种子带菌率就高,次年发病就重;如果气候干燥,孢子难于发芽,当年种子带菌率就低,第2年发病就轻。