为担子菌亚门腥黑粉菌属的真菌小麦矮腥黑粉菌。冬孢子近球形，深黄褐色并有网状突起，在网状突起外包裹一层胶质鞘。网脊多数钝而短。不孕孢子含量较高，形状圆形，无色至淡绿色，网纹不显著或无网纹，有胶质鞘。冬孢子萌发时不整齐，先菌丝无分隔但有分枝出现，每个分枝的突起上着生有担孢子，共12-20个，多的可达28-66个；担孢子无色，线形，担孢子成对呈H形桥，后在顶端形成新月形的无色透明的次生担孢子，再由次生担孢子顶端长出更细更长的侵染丝侵入寄主体内。        

  冬孢子在土壤中萌发，长出侵染菌丝，在土表从幼苗芽鞘或叶鞘侵入，在不超过15℃条件下，50天后可达生长点，形成系统性侵染。病菌可以随种子、原粮、包装、运载工具等作远距离传播。带菌小麦在加工过程中可以使其表面携带的病原菌进行一次“再集中”，成为远距离的初次侵染源，也是当前远距离传播的主要途径。病菌还可借雨水、流水、风、粪肥、土壤等进行扩散。该病病菌能在土壤中存活6-7年，甚至10年，并随土壤和种子传播，很难根治。发生主要受温度和寄主的生长阶段的影响，只要在秋季日平均温度0-10℃的低温期超过45天并有小麦新生幼嫩分蘖，即使没有积雪也可以发病。

        小麦感病后，植株严重矮化，株高只有健株的1/3-1/2，个别小分蘖感病后紧贴地面，高度不足15cm；分蘖增加，一般比健株增加50%以上；病穗比正常健穗宽且长，小穗紧密，穗部扭曲，整个穗子呈炸开状；子粒为菌瘿所代替，菌瘿较硬 ，颜色深黑，粒大且圆；大部分品种在感病后，于乳熟期出现不规则的条状褪绿花斑。 病原及发生规律        

农业防治     (1)严格检疫  严禁从疫区调入小麦、大麦、黑麦及燕麦等种子、原粮及加工后的下脚料。若检验发现有小麦矮腥黑穗病孢子的粮食必须严格执行法规，禁止进口，或者经过高温处理合格后方准进口。带病菌小麦种在运输、加工过程中，必须采取严密措施，防止病菌扩散。(2)轮作倒茬，凡污染小麦矮腥黑穗病的地块坚持5-7年内不种小麦。此外，冬小麦不同品种对病菌的抗性有明显差别，春小麦则不感染。深播或适时早、晚播种都能降低危害率。 物理防治     小麦矮腥黑穗病菌冬孢子的抗逆性很强，高温可有效杀灭冬孢子，它的热致死温度为130℃30min，或是120℃1h，对于麦麸和下脚料的处理，不得低于上述标准。 生物防治 　 药剂防治     药剂拌种或杀死种子表面的孢子，如王铜、苯莱特、TBZ等有较好效果，但不彻底。也可用五氯硝基苯（PCNB）超量拌种（用药量为种子重量的1%）或f咪唑拌种，防效均在96%左右。