为担子菌亚门的真菌禾柄锈菌(小麦变种)。菌丝丝状，有分隔，寄生在小麦细胞间隙，产生夏孢子和冬孢子在小麦上。夏孢子单胞，椭圆形，暗橙黄色，表面生有棘状突起，中腰部有发芽孔4个。冬孢子双胞，棍棒形至纺锤形，顶端壁略厚，圆形或稍尖，柄长。该菌可产生5种不同类型的孢子。冬孢子萌发产生小孢子，小孢子为害转主寄主小蘖，且在小蘖叶片正面形成性孢子器及性孢子，在叶背面产生锈子器和锈孢子。小麦秆锈菌致病性有生理分化现象，目前我国已发现16个生理小种，其中21C3小种是优势种。        

  该病主要以夏孢子完成病害的侵染循环，在转主寄主小蘖叶背形成的锈孢子侵染小麦，又形成夏孢子和冬孢子，因此认为转主寄主作用不大或不起作用。我国小麦秆锈菌主要以夏孢子世代在福建、广东沿海地区、云南南部麦区越冬。翌春，夏孢子由越冬基地逐渐北移，经长江流域、华北平原到达东北、西北和内蒙古春麦区。秆锈菌越夏区域较宽，在西北、华北、东北及西南冷凉麦区晚熟春小麦及自生麦苗上可以越夏。山东的胶东和江苏的徐淮平原麦区自生麦苗上也可越夏。夏孢子借气流进行远距离传播，从气孔侵入寄主，病菌侵入适温18～22℃。秆锈病流行需要较高的温度和湿度，尤其需要液态水，如降雨、结露或有雾。露时越长，侵入率越高，在叶面湿润时的温度，即露温适宜时适其侵入，需露时8～10小时，生产上遇有露温高、露时长时发病重。小麦品种间抗病性差异明显，该菌小种变异不快，品种抗病性较稳定，近20年来没有大的流行。

        主要发生在叶鞘和茎秆上，也为害叶片和穗部。夏孢子堆大，长椭圆形，深褐色或褐黄色，排列不规则，散生，常连接成大斑，成熟后表皮易破裂，表皮大片开裂且向外翻成唇状，散出大量锈褐色粉末，即夏孢子。小麦近成熟时，在夏孢子堆及其附近出现黑色椭圆至长条形冬孢子堆，后表皮破裂，散出黑色粉末状物，即冬孢子。三种锈病区别可用“条锈成行叶锈乱，秆锈是个大红斑”来概括。 病原及发生规律        

农业防治          (1)选用抗病品种如东北麦区的克丰系列、克旱系列、新曙光系列、龙麦、辽麦系列，内蒙古的蒙杂系列，黄淮地区的泰山l号,长江中下游地区的扬麦、宁麦等。大多抗21号小种，要注意新小种34C3、和34C4。种植时要兼顾抗源的多样化和合理布局。 物理防治 　 生物防治 　 药剂防治         ①药剂拌种用种子重量0.03％(有效成分)三唑酮，即用25％三唑酮可湿性粉剂15g拌麦种150kg或12?5％特谱唑可湿性粉剂60～80g拌麦种50kg。②春季叶面喷雾小麦拔节至孕穗期病叶普遍率达2％～4％，严重度达1％时开始喷洒20％三唑酮乳油或12.5％特谱唑(烯唑醇、速保利)可湿性粉剂1000～2000倍液，或25％敌力脱(丙环唑)乳油2000倍液，做到普治与挑治相结合。小麦锈病、叶枯病、纹枯病混发时，于发病初期，667m。用12.5％特谱唑可湿性粉剂20～35g，对水50～80[。喷施效果优异，既防治锈病，又可兼治叶枯病和纹枯病。