该病属非侵染性病害，主要是由植株缺钙和硼引起或因环境条件不良使植株在生育盛期对钙和硼的吸收受阻而引起体内元素失衡产生的。其次为花芽分化阶段遇有低温、日照不足，尤其是夜间温度低，造成花芽发育不良，易形成穿孔果。据统计，部分樱桃番茄品种如荷兰超甜樱桃番茄，在育苗阶段花芽分化期遇有连续3～4天夜温低于8℃或昼温低于16℃持续5～7天的条件极易发生嫩茎或果实穿孔病。此外，在保护地栽培期间遇有连续3～5天的阴雨低温天气与骤晴天交替进行时也易发生该病，而且十分迅速。不同品种对该病亦有不同的抗性，如台湾圣女番茄在相同不良条件下，发病率较荷兰超甜樱桃番茄和黄珍珠樱桃番茄分别低35%和23.2%。不同栽培土壤和栽培模式对该病亦有不同影响：如与茄科蔬菜连作地较非同科连作地发病率高；保护地栽培发病率明显高于露地。

该病主要为害樱桃番茄距生长点约（生长点以下）8～12cm处的幼嫩茎部；其次危害果实形成穿孔果，但很少发生。嫩茎受害初为针刺状小孔并且茎部逐渐由圆形变为扁圆状，继而由针孔处开裂并不断变大，最后形成蚕豆粒大小的穿孔状，下部至茎与上部生长点仅靠两边表皮的极少部分组织相连。穿孔部位表皮开裂，韧皮部外露。受害株初穿孔部位嫩茎横截面输导组织及髓变黄，继而发黑呈本栓化。但病变部位较干燥，即使发病后期亦未见任何菌源物，有别于细菌性病状。植株受害后，开始生长点部位生长缓慢，开花延迟，重者植株上部变黄发干而死亡，形成“秃顶桩”植株。果实受害后，果面上有孔洞，从外面可看到果肉内胶状物质，但不流菌脓亦不长霉状物，果实失去商品和食用价值。

(1)合理轮作，可与非茄科作物实行轮作，切忌与茄子或大果型番茄茬连作，可有效预防该病发生。(2)增施有机肥和钙、硼肥，定植前应多施腐熟有机肥，其中以鸡粪较好；其次每667m2随整地施入硅钙肥40kg，硼砂1～1.5kg亦可有效补充营养并预防发病。(3)采用高畦双高垄栽培，整地时做成畦高15～20cm的小高畦，中间开沟将两边培成高垄并覆盖地膜增加受光面积，有利于提高夜间地温。(4)加强田间管理，采用配方追肥樱桃番茄植株在遭受不良环境如低地温及低气温较长时间时，容易形成土壤中钙、硼、铁等元素的移动缓慢和吸收困难，较易发生此病。应注意加强保温管理，严寒时期晚揭早盖草苫，使最低气温不低于10℃，地温不低于14℃。同时在定植后随喷药每7～10天喷1次叶面肥进行快追补肥，所用品种以绿芬威3号1000倍液、惠满丰多元素复合肥400倍液或植物生长调节剂1000倍液为佳。(5)及时治疗，对于已发病植株，可用0.2%～0.3%的氯化钙或补钙宝1000倍液或稀土营养元素肥800倍液进行及早喷雾，重点喷中上部茎叶并注意提温保温。每7～10天1次，共2～3次，可有效控制该病的加重和扩大。