病原物为半知菌亚门真菌茄链格孢Alternaria solani (Ellis et Martin) Jones et Grout。病原菌在PDA培养基上，菌丝呈放射状生长，菌丝发达，气生菌丝灰白色。将其平铺于培养基上，菌落初为淡灰色，后转为青褐色、褐色，菌丝生长快，在25℃下培养7天，菌落直径一般在8厘米以上。该病原菌在PDA等一般培养基上较难产孢，经诱导处理可产生分生孢子，分生孢子梗单生或丛生，长不超过110微米，分生孢子单生，褐色，倒棍棒形至长椭圆形，一般有多个纵横隔膜，有长喙(一般不短于孢身长度)，极少数孢子喙有分叉。该菌在5～35℃均能生长，其中，最适温度为25～30℃；在5～35℃分生孢子均能萌发，适宜温度为25～30℃；分生孢子致死温度为50℃(10分钟)。 寄主番茄、茄子、辣椒、马铃薯等。

病原以菌丝体或分生孢子在病残体或种子表面越冬，附着在种子上的病原可存活2年，播种带菌种子，种子萌发时即可发病，病原从气孔、皮孔或表皮直接侵入形成初次侵染，潜育期2～3天后出现病斑，3～5天产生分生孢子，并可通过气流、雨水、昆虫和农事操作进行多次侵染。在大棚内，病原主要是种子携带分生孢子成为初侵染，土壤中带有分生孢子，或者从通风口处，风携带分生孢子进入大棚，完成初侵染。早疫病的发生与气温、相对湿度、降雨量、叶片生理年龄及品种耐病性有直接关系。湿度是病害发生与流行的主导因素，田间发病前5天均温为21℃，相对湿度大于70%的时间超过2天，早疫病即可发生。湿度80%以上，温度20～25℃最易发病。连作，栽种密度过大，基肥不足，灌水多或低洼积水，或阴雨天气造成环境高湿，结果过多，植株生长衰弱等，都有利于该病暴发流行。春季棚室栽培，番茄定植后，昼夜温差大，塑料薄膜上常结有小水珠，并落在叶片上，形成一层水膜，利于病害发生。

番茄苗期、成株期都可发病，为害叶片、茎、花、果等部位，以叶片和茎叶分枝处最易发病。叶片初期出现水渍状暗褐色病斑，扩大后近圆形，有同心轮纹，边缘多具浅绿色或黄色晕环。潮湿时病斑长出黑霉。发病多以植株下部叶片开始，逐渐向上发展。严重时，多个病斑可联合成不规则形大斑，造成叶片早枯。番茄早疫病病斑的轮纹表面生毛刺状物，别于番茄圆纹病。叶柄病斑呈椭圆形，稍凹陷，暗褐色，有轮纹，不将茎包住。茎部发病，多在分枝处产生褐色至深褐色不规则圆形或椭圆形病斑，凹或不凹，表面生灰黑色霉状物，即分生孢子梗和分生孢子。幼苗期茎基部发病，严重时病斑绕茎1周，引起腐烂。青果发病多在花萼处或脐部形成黑褐色近圆凹陷病斑，后期从果蒂裂缝处或果柄处发病，在果蒂附近形成圆形或椭圆形暗褐色病斑，病斑凹陷，有同心轮纹，斑面着生黑色霉层，病果易开裂，提早变红。

(1)选用抗病品种。如茄抗5号、北京早红、苏抗11、等。(2)重病区实行轮作，与其他非茄科作物进行2～3年以上的轮作。(3)清洁田园，及时摘除病、老、黄叶，摘除病果，拔除重病株带出棚室外深埋或烧毁。(4)高畦覆地膜栽培。合理密植，施足粪肥，增施磷钾肥，避免偏施氮肥。盛果期后为防止早衰加重病情，要及时追肥或喷叶面肥。(5)灌水采用膜下暗灌、滴灌或渗灌，上午灌水，灌水后适时放风，防止湿度过大。尽量采用滴灌，禁止大水漫灌，更不能用喷灌，防止随水传播。(6)按配方施肥要求，充分施足基肥，适时追肥，提高寄主抗病力。施肥以海洋生物有机肥为主；重施底肥，控制氮肥，适量增施磷、钾肥，不用硝态氮肥，以达到壮苗的目的。(7)用0.5%氨基寡糖素浸种20分钟，将种子洗净药液后再浸种，水温50～55℃，加热水保持水温10分钟，然后加凉水冷却到30℃浸种，捞出种子催芽。(8)用0.5%氨基寡糖素1～1.2克/亩，加水均匀喷雾。每隔7～10天喷1次，连续2～3次。其中0.5%氨基寡糖具有保护和治疗双重效果，以保护作用为主。(9)发病初期喷0.5%氨基寡糖水剂400～600倍液，或每间每隔7天喷1次药，共喷3次。可以兼治晚疫病。(10)棚室栽培的，发病初期每次喷施0.5%氨基寡糖水剂400～600倍液。每隔9天喷撒1次，连续3～4次。