病原物为子囊菌亚门的真菌核盘菌Sclerotinia sclerotiorum (Lib.) de Bary。菌核球形至豆瓣形或鼠粪状，可生子囊盘1～20个，一般5～10个。子囊盘杯形，展开后盘形，开张在2～5mm之间，盘浅棕色，内部较深，盘梗长3.5～50mm。子囊圆筒形或棍棒状，内含8个子囊孢子。子囊孢子椭圆形或梭形，单胞，无色。菌核由菌丝组成，外层系皮层，内层为细胞结合很紧的拟薄壁组织，中央为菌丝不紧密的疏丝组织。菌核无休眠期，但抗逆力很强，温度18～22℃，有光照及足够水湿条件，菌核即萌发，产生菌丝体或子囊盘。菌核萌发时先产生小突起，约经5天伸出土面形成子囊盘，开盘经4～7天放射孢子，后凋萎。该菌除侵染番茄外，还侵染为害茄子、辣椒、西葫芦、黄瓜、菜豆、大豆、莴苣、白菜、甘蓝、芥菜、芹菜、茴香等。

菌核在土中或混在种子中越冬或越夏。北方菌核多在3～5月萌发；南方则有两个时期：即2～4月和10～12月。落入土中的菌核能存活1～3年，是此病主要初侵染源。土中或病残体上的菌核，遇有适宜条件萌发，形成子囊盘，放射出子囊孢子，借风雨随种苗或病残体进行传播蔓延。子囊孢子落在衰老的叶及尚未脱落的花瓣上，萌发后产出芽管，芽管与寄主接触处膨大，形成附着器，再从附着器下边生出很细的侵入丝，穿过寄主的角质层侵入。该菌在寄主内分泌果胶酶，致病部组织腐烂，后病菌侵染力明显增强，田间再侵染由病叶与健叶接触进行。此外，此病还能以菌丝通过染有菌核病的灰菜、马齿苋等杂草传播到附近的番茄植株上。子囊孢子萌发温限0～35℃，适温5～10℃；菌丝0～30℃可生长，适温20℃；菌核萌发适温15℃，在50℃经5分钟致死。湿度是子囊孢子萌发和菌丝生长的限制因子，相对湿度高于85％子囊孢子方可萌发，也利于菌丝生长发育。因此，此病在早春或晚秋保护地容易发生和流行。

叶、果实、茎等部位均可被侵染。叶片染病始于叶缘，初呈水浸状，淡绿色，湿度大时长出少量白霉，病斑呈灰褐色，蔓延速度快，致叶枯死；果实及果柄染病，始于果柄，并向果面蔓延，致未成熟果实似水烫过，菌核外生在果实上，大小1～5mm；花托上的病斑环状，包围果柄周围；茎染病多由叶柄基部侵入，病斑灰白色稍凹陷，后期表皮纵裂，边缘水渍状，病斑长达株高的4/5。除在茎表面形成菌核外，剥开茎部，可发现大量菌核，严重时植株枯死。

(1)深翻，使菌核不能萌发。(2)实行轮作，培育无病苗。未发病的温室或大棚忌用病区培育的幼苗，防止菌核随育苗土传播。(3)及时清除田间杂草，有条件的覆盖地膜，抑制菌核萌发及子囊盘出土。发现子囊盘出土，及时铲除，集中销毁。(4)加强管理，注意通风排湿，减少传播蔓延。(5)棚室可采用烟雾法或粉尘法，于发病初期．亩用10％速克灵烟剂250～300g熏1夜，也可于傍晚喷撒5％百菌清粉尘剂或10％灭克粉尘剂，每亩次1kg，隔7～9天1次。露地或棚室均可于发病初期喷洒40％菌核净可湿性粉剂500倍液，或50％农利灵(乙烯菌核利)可湿性粉剂1000～1500倍液，或50％速克灵可湿性粉剂1500～2000倍液，或50％扑海因可湿性粉剂1500倍液，或50％苯菌灵可湿性粉剂1500倍液，或50％混杀硫悬浮剂500倍液，或80%多菌灵可湿性粉剂600倍液，或20％甲基立枯磷乳油800倍液，亩施药液60～70kg，隔7～10天1次，连续防治3～4次。