病原物为半知菌亚门真菌番茄棘壳孢Pyrenochaeta lyCopersici Schneider et Gerlach。生于番茄根部，分生孢子器球形，褐色至暗褐色，孔口四周刚毛稀疏，暗褐色，壁厚，有分隔；分生孢子梗无色，基部分枝，多数分隔；分生孢子单胞无色，表面光滑，椭圆形或圆柱形，培养时产生微菌核。

病菌以分生孢子器和菌丝体随病根在土壤中越冬，也可能在未充分腐熟的堆肥中越冬，翌年产生大量分生孢子经雨水或灌溉水及昆虫传播蔓延，从根部或茎基部伤口侵入，对根部及根茎部进行为害。该菌生育适温22～24℃，生产上遇有低温不利于根系生长发育，当土温低于20℃，且持续时间较长时，易诱发此病，土壤粘重的重茬地及地下害虫严重的地块发病重。

主要为害茎基部和根部，定植后即可发病。初发病时侧根和细根变褐；大量脱落或腐烂，后主根也变褐，表面产生黑色小粒点或裂缝，表皮木栓化，严重的病根肿胀或变粗，随根部病情扩展，茎基部变成黑褐色或腐烂，致植株地上部生长不良，下部叶片变黄干枯，发病初期病株中午萎蔫，早、晚能复原，但病情严重时不再复原，致全株枯死。

(1)进行轮作，与非茄科蔬菜进行3年以上轮作。(2)种植中蔬5号、佳粉10号、15号、津粉65、加拿大8号等优良品种。(3)加强管理，选择无病地育苗，密度适当，采用高垅或高畦栽培，不要在低洼地上种植番茄，定植时要少伤根，施用充分腐熟的有机肥，或施用日本酵索菌沤制的堆肥，雨后排水要及时，严禁大水漫灌。(4)前茬收获后及时清除病组织并进行深翻或土壤灌水深度50～60cm，同时用25～40μm厚的聚乙稀或聚氯乙烯膜覆盖，强光照射30～60天对番茄褐色腐败病防效极好。(5)采用新土育苗或床土消毒。每平方米床面用50%多菌灵可湿性粉剂8～10克，加堰土4～5公斤拌匀，先将1/3药土撒在畦面上，然后播种，再把其余药土覆在种子上。(6)种子消毒，用0.1%硫酸铜浸种5分钟，洗净后催芽，播种。(7)发病初期用10%双效灵水剂或12.5%增效多菌灵浓可溶剂200倍液灌根，隔7～10天1次，连续灌2～3次。