每一种作物有它特别的需求及代谢，对土壤中营养比例、种类、水分及氧气需求依作物不同而有差异I在代谢上各种蔬菜略有差异，分泌物也有各自特点，由于上述原因，前作可能对后作产生影响，其原因，一是营养不足；二是土壤变酸性；三是前作残质，由于碳氮比高，分解时微生物大量繁殖，氮素被微生物吸收，常引起氮素缺乏。四是自毒性，作物根分泌有毒物质或残体分解释出、微生物释放出有毒物质，当土壤环境中若达到某一临界浓度后，就会引起毒害作用。五是有机腐植质缺乏，长期连作后土壤有机腐植质降低，土壤团粒结构遭到破坏。六是土传病虫害严重起来。由于病原菌、害虫对作物具偏好性及专一性，例如为害番茄的病虫不一定都为害其他蔬菜，连作时病虫族群逐渐增加或一茬就增加很多，后茬将受该增加病虫为害l病虫个体可能存在土壤中或作物残体中，都可能是连作的障碍。棚室设施栽培土壤病虫害初期较少，经长期连作后，病虫害的为害可能会因不当的管理而增加。七是盐类积累。长期连作及不当栽培管理及施肥，由于作物的偏向管理，例如过量灌水和排水，使土壤营养的淋洗及土壤流失；过度施用化学肥料，尤其是短期蔬菜栽培常见过度施肥后造成盐分积累，在土壤表面形成白色盐类。严重的形成盐碱地。

棚室设施条件栽培番茄常因设施有限、产品效益高而连年种植，就会发生番茄生长不良或缺株，既使施用肥料也不能完全改善，造成幼苗枯萎及烂根，生长点新生枝叶不能伸展或不正常，有的引起根腐病、立枯病、灰霉病、菌核病、枯萎病等。生产上番茄、茄子、甜椒、瓜类、姜等连作一次就会出现生长不良的问题。

防治方法在防治策略上应采取防重于治的原则。(1)轮作。对防止连作障碍是最有效的方法。就是不要连作，采用旱田与水田，豆科、非豆科轮作，深根性与浅根性轮作，栽植作物要种类多，年年变化，保持土壤稳定。(2)种植绿肥或施用酵素菌沤制的堆肥或施用腐熟有机肥，增加土壤有机质，有机质除能供给作物营养外，也能提供微生物活动的碳源或能源，促进毒物质分解或吸附。种植绿肥后即有轮作优点，也有有机肥的优点，有的可控制部分病虫害，真是一举数得。提倡施用绿丰生物肥，50～80kg/亩穴施。(3)施用中和剂。当土壤连作后土壤pH偏酸时，应施入石灰，同时配合施用有机肥，不仅可使pH接近或达到中性，还可改善土壤中微生物相的环境，效果更好。(4)采用配方施肥技术，补充营养元素，提倡施用促丰宝、惠满丰多元素复合液肥、“垦易”微生物活性有机肥等。(5)采用浸水或翻耕晒田等方法，解除毒物质及病虫为害。(6)清除作物残体。有些病残体是毒物质及病虫害来源，清除病残体以后，可减少毒物质、减少病虫初侵染源。(7)适时采摘，番茄果实上端呈浅黄色即应采摘。(8)琉枝摘心，及时疏除徒长营养枝，摘心要轻，应据当地气候确定，一般4层花序开花坐果后即可进行。