病菌以休眠菌丝、厚垣孢子和微菌核随病残体在土壤中越冬,成为为翌年的初侵染源。多数报道种子内外带有菌丝或分生孢子,可以做为病害的初侵源,但也有人认为种子不带菌。土壤中病菌可存活6~8年,在当地混有病残体的肥料和带菌土壤或茄科杂草,借风、雨、流水或人畜及农具传到无病田。翌年病菌从根部的伤口或直接从幼根表皮及根毛侵入,后在维管束内繁殖,并扩展到枝叶,该病在当年不再进行重复侵染。病菌发育适温19~24℃,最高30℃,最低5℃;菌丝、菌核60℃经10分钟致死。一般气温低,定植时根部伤口愈合慢,利于病菌从伤口侵入;从番子定植到开花期,日均温低于15℃,持续时间长,发病早而重,如此期间气候温暖,雨水调和,病害明显减轻;地势低洼、施用未腐熟的有机肥,灌水不当及连作地发病重;有时冷凉天气,直接浇灌井水,会使地温降至15℃以下,如此灌水一次也可导致该病发生蔓延。