前茬施用有机肥或氮肥少，土壤中含氮量低、施用稻草太多、降雨多、氮素淋溶多时易造成缺氮。 

在砂培条件下，苗期开始表现症状，先是老叶叶色失绿变黄，茎色也常有改变，生长停滞，最后全部叶片变黄，不结果或结果少且小而黄。植株矮小，叶片黄化。缺氮植株在开花期虽然也形成少量花蕾，但由于没有足够的养分供给其发育处于受抑制状态，因此大部分花蕾都枯死脱落。

施用日本酵素菌沤制的堆肥或充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术。经测定生产1000kg番茄，需氮素3.45～3.72kg、五氧化二磷1kg、氧化钾6kg。为避免缺氮基肥要施足，此外也可施用绿丰生物肥50～80kg/亩，温度低时，施用硝态氮化肥效果好。番茄需肥关键期为初果期和盛果期，一般城郊型土壤初果期氮肥最效指标为50×10-6，盛果期60×10-6，生产上测定缺氮否，应在初、盛果期前1周，取10cm土层内土样，测其速效氮含量，当土壤中每缺1×10-6速效氮时，应补施尿素0.5kg或碳铵1.25kg，生产上发现缺氮时，可立即埋施发酵好的人粪稀，也可将碳酸氢铵或尿素等混入10～15倍的腐熟有机肥中施于植株二侧后覆土，浇水，应急时也可在叶面上喷洒0.2%碳酸氢铵。