病原物为半知菌亚门的真菌萝卜链格孢Alternaria raphani Groves et Skoloko异名：A. mathiolae Neergaard。分生孢子梗短，不分枝，单生或2～6根束生，正直或具1膝状节，有2～6个隔膜，淡榄褐色，顶端色略浅，基部细胞稍大。分生孢子单生，倒棒状，淡榄褐色，具横隔膜4～10个，纵隔膜0～2个，隔膜处缢缩明显，喙长或稍长，顶端色淡，不分枝，具横隔膜1～4个。秋季，田间病原往往以芸苔链格孢A. brassicae  (Berk.) Sacc.为主。

病菌以菌丝或分生孢子在病叶上存活，是全年发病的初侵染源。此外，带病的萝卜种子的胚叶组织内也有菌丝潜伏，借种子发芽时侵入根部。该病发病适温25℃，最高40℃，最低15℃。

主要为害叶片，叶面初生黑褐色至黑色稍隆起小圆斑，后扩大边缘呈苍白色，中心部淡褐至灰褐色病斑，直径3～6mm，同心轮纹不明显，湿度大时病斑上生淡黑色霉状物，即病原菌分生孢子梗和分生孢子。病部发脆易破碎，发病重的，病斑汇合致叶片局部枯死。采种株叶、茎、角果均可发病，茎及花梗上病斑多为黑褐色椭圆形斑块。

(1)大面积轮作，收获后及时翻晒土地，清洁田园，减少田间菌源。(2)加强管理，提高萝卜抗病力和耐病性。(3)用种子重量0.4％的50％福美双可湿性粉剂，或40％灭菌丹可湿性粉剂，或75％百菌清可湿性粉剂，或50％扑海因可湿性粉剂拌种。(4)对交链孢菌引致的黑斑病有效的杀菌剂有：75％百菌清可湿性粉剂500～600倍液，或50%扑海因可湿性粉剂1000倍液，或50％速克灵可湿性粉剂1500倍液，或58％甲霜灵•锰锌可湿性粉剂500倍液，或64％杀毒矾可湿性粉剂500倍液，此外，40％大富丹、40％灭菌丹、80％喷克可湿性粉剂 600倍液也有效。防治该病最好在发病前开始用药，隔7～10天1次，连续防治3～4次。