病原物为类菌原体丛枝植物菌原体Mycoplasma-like organism，简称MLO。病叶中脉切片经甲苯胺兰(TBO)染色后，用荧光显微镜观察韧皮部有桔黄色荧光反应斑，整个维管束组织严重退化变小，用电子显微镜对超薄切片观察，在辣椒病株筛管中有MLO菌体。

辣椒丛枝病病原可通过大青叶蝉传播，经25天后显症，大青叶蝉在泡桐丛枝病病株上，充分饲毒后转移到辣椒上也可传毒。辣椒集中产区及大青叶蝉多、距泡桐树近的地块发病重。

苗期染病植株叶色发黄，病株矮小，很少分枝，易形成单枝，侧枝少，不结果或偶结1～2果，蕾期染病，病株矮化，仅为健株株高一半，叶窄长，叶面积小，仅是健叶1/4，叶片扭曲呈疙瘩节状，叶色变黄，叶肉变薄似缺素症。叶柄狭长，是健株2倍，发病重的叶片仅剩叶脉，枝芽丛生呈“扫帚状”，茎杆带化，花序聚生或花器萎落，鳞片变成小叶，开花结果期染病，病株不明显，中下部叶片、椒角尚正常，仅侧芽少，中上部叶片狭窄皱缩不平，叶柄伸长，果枝短缩，心叶开张度小。该病与黄瓜花叶病毒引起的病毒病症状近似，应注意鉴别。

(1)该病广泛分布在陕西、北京、河南、湖北、新疆等各辣椒产区，应合理布局，要远离泡桐，采用小麦与辣椒间作，适期栽植，注意拔除病株。(2)及时防治叶蝉和三点盲蝽。(3)发病初期喷洒土霉素或四环素倍液。