甜椒脐腐在高温干旱条件下易发生，水分供应失常是诱发此病的主要原因。当植株前期土壤水分充足，但在植株进入生长旺盛时水分骤然缺乏，原来供给果实的水分被叶片夺取，致使果实突然大量失水，引起组织坏死而形成脐腐；也有认为是植株不能从土壤中吸取足够的钙素，致脐部细胞生理紊乱。失去控制水分的能力而发病。此外，土壤中氮肥过多，营养生长旺盛，果实不能及时补充钙也会发病。经测定若含钙量在0.2％以下易发病。

脐腐病又称顶腐病或蒂腐病，主要为害果实。被害果于花器残余部及其附近，初现暗绿色水浸状斑点，后迅速扩大，直径2～3cm，有时可扩到近半个果实。患部组织皱缩，表面凹陷，常伴随弱寄生菌侵染而呈黑褐色或黑色，内部果肉也变黑，但仍较坚实，如遭软腐细菌侵染，引起软腐。

(1)用地膜覆盖可保持土壤水分相对稳定，并能减少土壤中钙质等养分的淋失。(2)栽培上要掌握适时灌水，尤应在结果后及时均匀浇水防止高温为害，浇水应在9～12时进行。 (3)双株合理密植，使叶片互相遮荫，或与高秆作物间作，避免果实暴露在阳光下。(4)根外追肥，在着果后喷洒1％过磷酸钙，或0.1％氯化钙，或0.1％硝酸钙等，隔5～10天1次，连续防治2～3次。(5)及时防治三落病，避免早期落叶，以减少本病的发生和为害。