病菌以冬孢子在土壤中和种子内越冬。冬孢子在自然情况下可存活一年以上,在贮藏的种子上可存活3年;耐热力很强,用55℃温汤浸种10分钟也不会死亡;病谷如在通过牛、鸡、鸭等家畜的消化道时未被破碎,仍能保持其发芽力。冬孢子至少需经过5个月的休眠期,并且需要一定的湿度、光线和氧气才能萌发。如在深水下,孢子很少发芽或发芽不产生担孢子。孢子萌发,首先吸水24小时,继而光照4小时以上解除滞育,温度在20-34℃之间,以24-32℃为最适。水稻开花灌浆时,在水面或潮湿土面的冬孢子萌发,产生担孢子或次生小孢子,随气流传播,小孢子停落在柱头上,侵入花柱,达到子房的合缝末端,菌丝在谷粒内蔓延,破坏子房和米粒的形成,早期被浸染的籽粒完全变成孢子堆,后期被侵染的谷粒仅部分变成黑粉。最后菌丝再形成冬孢子。湿度对稻粒黑粉病发生的影响最大。水稻穗期,尤其是扬花期,温度在25-30℃,如遇连续阴雨天气,不仅有利于孢子萌发、侵入,而且还会造成母本因收受花粉量少,花期延长,有利病害发生。粳稻、糯稻发病最轻,籼稻和杂交稻次之,杂交稻制种田发病最重。一般在连续制种3年以上的田块发病重,且制种时间越长,病害越重,这是土壤中积累的大量病菌所造成的现象。此外,种子带菌率越高,发病也越重。制种田因播期调节不好,肥培措施不当、花期相遇不好的田块发病重。偏施氮肥、施肥过迟、长期深水灌溉,都会使稻株体内游离氨基酸增加,引致徒长,小生境中湿度增高,既有利于病菌生长,又使抽穗开花期延长,受病菌侵染机会增多,加重病害。50年代松花江和扬子江流域的水稻就有发生,60年代后期、70年代初我国开始大面积种植杂交稻,稻粒黑粉病明显上升。当前已遍布国内各水稻产区。尤其是杂交稻制种的区域,包括杂籼、杂粳的制种基地,几乎均有粒黑粉病的发生和危害。杂交稻制种田母本的粒黑粉病发生严重,一般病粒率达10-20%,重病田可达50%以上,成为杂交稻制种田最重要的病害。