病原物为半知菌亚门真菌黑胫茎点霉Phoma lingam (Tode ex Schw.) Desm.。有性态为子囊菌亚门真菌十字花科小球腔菌或斑点小球腔菌Lepiosphaeria maculans (Desm.) Ces. & de Not.。分生孢子器球形至扁球形,深黑褐色,散生、埋生在寄主表皮下,顶部具突起的孔口,四周细胞颜色较深,吸水后,能从孔口处涌出胶质状污白色孢子角,内含大量分生孢子;分生孢子无色透明,椭圆形至纺锤形,内含油球2个。在自然界分离到的黑胫茎点霉,常可发现有致病力和无致病力两类菌株,他们不仅生长速度和产生色素不同,在几种同功酶图也不相同,有致病力菌株引起典型的黑胫病症状,无致病力的菌株,不易再接种成功,或者只形成小而略枯黄的斑点。